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Par ses programmes subventionnés, la Fondation parraine et soutient principalement la recherche appliquée sur les systèmes de santé. La plupart de ces programmes de recherche sont financés conjointement avec d'autres organismes, notamment l'institut de recherche en santé du Canada (IRSC), les ministères et organismes provinciaux ainsi que les organismes décideurs s'intéressant particulièrement au sujet traité.